研究院领导机构由长春理工大学中山研究院领导小组和理事会组成，由中山市人民政府和长春理工大学共同委派人员组成。领导小组负责对长春理工大学中山研究院重大事项进行决策，理事会落实领导小组的决策并形成决议，领导小组办公室负责协调推进各项具体工作。